广东省低碳发展促进会的组织架构为会员大会、理事会、秘书处三个层级，会员大会、理事会是议事和决策层级，秘书处是具体运作层级。最高权力机构是会员大会，会员大会主要决定促进会的根本和重大事项，如制定和修改章程、选举和罢免理事、审议理事会的工作报告和财务报告和决定终止事项等。理事会是促进会管理的执行机构，主要是决定促进会的管理制度、每年的工作计划和财务预决算等重要事项向会员大会报告工作和财务状况等。秘书处对理事会负责，主要负责促进会的日常运作，同时根据理事会的授权负责会员的吸收及除名等会员管理工作；同时承担广东省低碳发展专家委员会办公室的日常管理工作。
